Arbeitsgruppe

Statistische Methoden in der Bioinformatik

gemeinsame Arbeitsgruppe der IBS-DR und der GMDS-Fachbereiche Med. Biometrie und Med. Bioinformatik/Systembiologie

Ziele der Arbeitsgruppe

Die Arbeitsgruppe behandelt statistische Verfahren zur Analyse von Hochdurchsatzdaten aus allen „Omics“-Gebieten (z.B. Genomik, Proteomik). Dazu gehören u.a. Methoden zur Analyse von Daten aus DNA-Microarray-Experimenten, aus der Massenspektrometrie oder aus NGS-Experimenten (Next-Generation-Sequencing). Die Mitglieder der Arbeitsgruppe treffen sich zu einem jährlichen Workshop, um neue Verfahren oder Software der Statistischen Bioinformatik vorzustellen und zu diskutieren.

Tätigkeiten der Arbeitsgruppe:

Die AG Statistische Methoden in der Bioinformatik und die AG Mathematische Modelle in der Medizin haben am 23. & 24. Juni 2022 ihren jährlichen, gemeinsamen „Workshop on Computational Models in Biology and Medicine“ abgehalten. Der Workshop hat in Göttingen in der Paulinerkirche stattgefunden, wo er lokal von Prof. Tim Beißbarth ausgerichtet wurde. Es wurden Vorträge und Poster zu den folgenden Themenbereichen präsentiert:

  • Genomik und Proteomik
  • Einzelzell- und räumliche Transkrimptomanalysen
  • Statistische Modellierung und maschinelles Lernen
  • Entscheidungsunterstützungssysteme
  • Epidemiologische Modelle der Covid-19-Pandemie
  • Dynamische Modellierung

Als Keynote Redner konnten Harald Binder (Freiburg), Viola Priesemann (Göttingen), und Stefan Bonn (Hamburg) gewonnen werden. Der Workshop wurde von den jeweiligen Sprechern der AGs (Michael Altenbuchinger, Göttingen; Klaus Jung, Hannover; Markus Scholz, Leipzig; Ingmar Glauche, Dresden) organisiert. Die Veranstaltung wurde finanziell unterstützt durch die IBS-DR und die GMDS.

Die AG Statistische Methoden in der Bioinformatik hat die Wahl der AG Leiter für die nächste Amtsperiode abgehalten, wobei Prof. Dr. Tim Kacprowski, Dr. Markus Wolfien und Prof. Dr. Michael Altenbuchinger gewählt wurden.

GMDS Jahresbericht 2023

Arbeitsgruppe
Statistische Methoden in der Bioinformatik -
gemeinsame Arbeitsgruppe der IBS-DR und der GMDS-Fachbereiche Med. Biometrie und Med. Bioinformatik/Systembiologie

Prof. Dr. Michael Altenbuchinger, Göttingen (Leiter) 
Prof. Dr. Tim Kacprowski, Braunschweig (Leiter)
Dr.-Ing. Markus Wolfien, Dresden (Leiter)

Tätigkeit vom 1. Januar 2023 bis 31. Dezember 2023

Die AG Statistische Methoden in der Bioinformatik und die AG Mathematische Modelle in der Medizin haben am 15. & 16. Juni 2023 ihren jährlichen, gemeinsamen „Workshop on Computational Models in Biology and Medicine“ abgehalten. Der Workshop hat an der Universität Stuttgart stattgefunden, wo er lokal von Prof. Nicole Radde ausgerichtet wurde. Es wurden Vorträge und Poster zu den folgenden Themenbereichen präsentiert:

  • FAIR model and data principles
  • Genomics and proteomics
  • Single-cell data analysis
  • Statistical modeling and machine learning
  • Dynamical modeling in health and disease

Für Keynotes konnten folgende Redner gewonnen werden:

·        Lars Kaderali (University of Greifswald, Institute for Bioinformatics, Greifswald, Germany)

·        Matthias König (Humboldt-University Berlin, Institute for Theoretical Biology, Berlin, Germany)

·        Jana Wolf (Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine (MDC), Berlin, Germany)

·        Achim Tresch (University of Cologne, Institute of Medical Statistics and Computational Biology, Cologne, Germany)

Der Workshop wurde von den jeweiligen Sprechern der AGs (Nicole Radde, Stuttgart; Ingmar Glauche, Desden; Michael Altenbuchinger, Göttingen; Tim Kacprowski, Braunschweig; Markus Wolfien, Dresden) organisiert. Die Veranstaltung wurde finanziell unterstützt durch die GMDS, die IBS-DR, sowie dem Exzellenzcluster EXC 2075 "Data-Integrated Simulation Science (SimTech)".

Des Weiteren wurde auf der GMDS Jahrestagung, neben dem AG Treffen, eine Session zu bioinformatischen Themen organisiert. Es konnte Prof. Dr. Richard Röttger (Department of Mathematics and Computer Science, University of Southern Denmark) für eine Keynote gewonnen werden. Weitere Vorträge befassten sich mit Workflows, GWAS und single-cell Sequenzierungsarbeiten.

Amtszeit der Leiter*innen und deren Vertretung 

Juni 2022 - Juni 2025 

ARCHIV DER TÄTIGKEITSBERICHTE

  • GMDS Jahresbericht 2022

    GMDS Jahresbericht 2022

    Arbeitsgruppe
    Statistische Methoden in der Bioinformatik -
    gemeinsame Arbeitsgruppe der IBS-DR und der GMDS-Fachbereiche Med. Biometrie und Med. Bioinformatik/Systembiologie

    Prof. Dr. Michael Altenbuchinger, Göttingen (Leiter) 
    Prof. Dr. Tim Kacprowski, Braunschweig (Leiter)
    Dr.-Ing. Markus Wolfien, Dresden (Leiter)

    Tätigkeit vom 1. Januar 2022 bis 31. Dezember 2022
    Die AG Statistische Methoden in der Bioinformatik und die AG Mathematische Modelle in der Medizin haben am 23. & 24. Juni 2022 ihren jährlichen, gemeinsamen „Workshop on Computational Models in Biology and Medicine“ abgehalten. Der Workshop hat an der Universität Göttingen stattgefunden, wo er lokal von Prof. T. Beißbarth und Prof. M. Altenbuchinger ausgerichtet wurde. Es wurden Vorträge und Poster zu den folgenden Themenbereichen präsentiert:

    • Genomics and proteomics
    • Single-cell data analysis and spatial transcriptomics
    • Statistical modeling and machine learning
    • Decision support systems
    • Epidemiological models in the post COVID era
    • Dynamical modeling
    • Open Topics

    Für Keynotes konnten folgende Redner gewonnen werden:

    • Viola Priesemann (Max Planck Institute for Dynamics and Self-Organization, Neural systems theory, Göttingen, Germany)

    • Stefan Bonn (Zentrum für Molekulare Neurobiologie (ZMNH), Institut für Medizinische Systembiologie, Hamburg)
    • Harald Binder (Institute of Medical Biometry and Statistics, Faculty of Medicine and Medical Center – University of Freiburg, Freiburg, Germany)

    Der Workshop wurde von den jeweiligen Sprechern der AGs (Michael Altenbuchinger, Göttingen; Klaus Jung, Hannover; Markus Scholz, Leipzig; Ingmar Glauche, Dresden) organisiert. Die Veranstaltung wurde finanziell unterstützt durch die GMDS sowie die IBS-DR.

    Im Rahmen des Workshops wurden für die nächste Amtszeit Prof. Dr. Michael Altenbuchinger (Göttingen), Prof. Dr. Tim Kacprowski (Braunschweig), und Dr.-Ing. Markus Wolfien (Dresden) als Leiter der AG gewählt. 

    Amtszeit der Leiter*innen und deren Vertretung 
    24. Juni 2022 - 23. Juni 2025 

  • TÄTIGKEITEN IM JAHR 2021

    TÄTIGKEITEN IM JAHR 2021

    Tätigkeit vom 1. Januar 2021 bis 31. Dezember 2021
    Die AG Statistische Methoden in der Bioinformatik und die AG Mathematische Modelle in der Medizin haben bedingt durch die COVID-19-Pandemie in 2021 ihren jährlichen „Workshop on Computational Models in Biology and Medicine“ ausgesetzt. 

  • TÄTIGKEITEN IM JAHR 2020

    TÄTIGKEITEN IM JAHR 2020

    Tätigkeit vom 1. Januar 2020 bis 31. Dezember 2020
    Die AG Statistische Methoden in der Bioinformatik und die AG Mathematische Modelle in der Medizin haben am 4. & 5. Februar 2020 ihren jährlichen, gemeinsamen „Workshop on Computational Models in Biology and Medicine“ abgehalten. Der Workshop hat an der Universität Bonn stattgefunden, wo er lokal von Prof. Jan Hasenauer ausgerichtet wurde. Es wurden Vorträge und Poster zu den folgenden Themenbereichen präsentiert:
    •           Genomik und Proteomik
    •           Einzelzell-Datenanalyse
    •           Statistische Modellierung und maschinelles Lernen
    •           Dynamische Modellierung
    Als Keynote Redner konnten Fabien Crauste (Université de Bordeaux), Volker Roth (Universität Basel), Dagmar Iber (ETH Zürich), und Malte Lücken (Helmholtz Zentrum, München) gewonnen werden.
    Der Workshop wurde von den jeweiligen Sprechern der AGs (Michael Altenbuchinger, Stuttgart; Klaus Jung, Hannover; Markus Scholz, Leipzig; Ingmar Glauche, Dresden) organisiert. Die Veranstaltung wurde finanziell unterstützt durch die IBS-DR, die GMDS, sowie die Universität Bonn.

  • TÄTIGKEITEN IM JAHR 2019

    TÄTIGKEITEN IM JAHR 2019

    Tätigkeit vom 1. Januar 2019 bis 31. Dezember 2019

    Das Ziel der AG „Statistische Methoden in der Bioinformatik“ ist es Wissenschaftler zu vernetzen, die sich mit der Anwendung und Entwicklung statistischer Methoden in der Bioinformatik beschäftigen. Hierfür werden jährliche Workshops angeboten. Im Jahre 2019 fand dieser zusammen mit der Arbeitsgruppe „Mathematische Modelle in der Medizin und Biologie“ am 7. und 8. März 2019 am Braunschweiger Zentrum für Systembiologie (BRICS) statt. Lokal wurde er von Michael Meyer-Herrmann und Philippe Robert ausgerichtet. Als Keynote Redner konnten Ivo Grosse (Universität Halle-Wittenberg), Jan Hasenauer (Helmholtz Zentrum München) und Benjamin Werner (The Institute of Cancer Research, London) gewonnen werden. Themenschwerpunkte waren Bioinformatik für NGS Daten, Machinelles Lernen und Optimierung in der Computational Biology und der Systembiologie, Multi-omics und die Modellierung von Erkrankungen.

  • Tätigkeiten im Jahr 2017

    Tätigkeiten im Jahr 2017

    Tätigkeit vom 1. Januar 2017 bis 31. Dezember 2017

    Die AG Statistische Methoden in der Bioinformatik und die AG Mathematische Modelle in der Medizin haben am 2. & 3. März 2017 ihren jährlichen, gemeinsamen „Workshop on Computational Models in Biology and Medicine“ abgehalten. An der Veranstaltung, die dieses Jahr an der Tierärztlichen Hochschule Hannover stattfand, nahmen rund 50 Personen teil. Als Keynote-Sprecher waren Vanessa Didelez (Leibniz-Institut für Präventionsforschung und Epidemiologie, Bremen), Korbinian Strimmer (Imperial College, Bremen) und Arne Traulsen (Max-Planck-Institut für Evolutionäre Biologie) eingeladen. Vorträge und Poster wurden zu vielfältigen Themen der mathematischen Modellierung und der Statistischen Bioinformatik präsentiert. Der Workshop wurde von den jeweiligen Sprechern der AGs (Klaus Jung, Hannover; Holger Fröhlich, Bonn; Markus Scholz, Leipzig; Ingmar Glauche, Dresden) organisiert.