Arbeitsgruppe

Tätigkeit vom 1. Januar 2021 bis 31. Dezember 2021

Im Rahmen der virtuellen GMDS- & TMF-Jahrestagung 2021 fand am 1. Oktober 2021 unter der Leitung von Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen, Institut für Medizinische Informatik) sowie Prof. Dr. Tim Beißbarth (Universitätsmedizin Göttingen, Institut für Medizinische Bioinformatik) der Workshop „Data Science Approaches in Biomedical Informatics“ statt.

Aufgrund der Corona-Situation wurde der Workshop virtuell als Webkonferenz durchgeführt. Das bewährte Format aus dem Vorjahr war dabei so, dass die vier Referenten (Prof. Dominik Heider, Prof. Søren Brunak, Prof. Johannes Textor, Prof. Holger Fröhlich) ihre Vorträge 14 Tage vor dem Workshop bereitgestellt haben und diese von den Teilnehmern asynchron vorab angeschaut werden sollten. Am Workshop-Tag gab es nur kurze Zusammenfassungen der Vorträge. Dies führte dazu, dass die Zeit des Workshops überwiegend für Diskussionen genutzt werden konnte. Für die ca. 34 Teilnehmer war es somit möglich die Vorträge bereits vor dem Workshop in ihrem individuellen Tempo zu konsumieren und an beliebigen Stellen zu pausieren, um tiefer in die Thematik einzusteigen. Die Diskussionen konnten somit im Vorfeld bereits strukturiert und vorbereitet werden.

In dem Workshop wurden in Vorträgen aus den Bereichen Biomedizinische Informatik, Medizinische Bioinformatik und der Systemmedizin verschiedene Aspekte und Ansätze vorgestellt und diskutiert. Prof. Søren Brunak konnte beispielsweise aus Dänemark berichten, wo durch andere Regularien deutlich umfassendere Datenbestände genutzt werden können. In diesem Kontext wurde über Datenqualität und das Thema (Broad) Consent diskutiert. Insgesamt konnten 2021 feststellen, dass die vormals gefühlten Grenzen zwischen unseren Fachdisziplinen noch weiter verschwommen sind und wir uns methodisch und inhaltlich noch weiter angenähert haben.

Die im Laufe der Sitzung aufgenommenen Themen werden in den künftigen Sitzungen der AG vertieft. Der Mitschnitt des Workshops bzw. die Vorträge können weiterhin (durch Anfrage an: Benjamin.Loehnhardt@med.uni-goettingen.de) abgerufen werden.
 

Vorgesehene Aktivitäten 2022:

Für 2022 ist erneut die Durchführung eines interdisziplinären Workshops "Biomedizinische Informatik" im Rahmen der GMDS-Jahrestagung geplant, dann hoffentlich wieder „vor Ort“. Hierbei sollen die fachbereichsübergreifenden Diskussionen fortgesetzt werden. Weiterhin ist in diesem Jahr die Wahl der AG-Leitung notwendig. Das Kernteam der AG stimmt sich weiterhin monatlich per Webmeeting ab.

Im Rahmen der virtuellen GMDS & CEN-IBS 2020 fand am 10. September 2020 unter der Leitung von Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen, Institut für Medizinische Informatik) sowie Prof. Dr. Tim Beißbarth (Universitätsmedizin Göttingen, Institut für Medizinische Bioinformatik) der Workshop „Making Decisions in Biomedical Informatics“ statt.

Aufgrund der Corona-Situation wurde der Workshop virtuell als Webkonferenz durchgeführt. Das Format war dabei so, dass die Referenten ihre Vorträge 14 Tage vor dem Workshop bereitgestellt haben und diese von den Teilnehmern asynchron vorab angeschaut werden sollten. Am Workshop-Tag gab es nur kurze Zusammenfassungen der Vorträge. Dies führte dazu, dass die Zeit des Workshops überwiegend für Diskussionen genutzt werden konnte. Für die ca. 22 Teilnehmer war es somit möglich die Vorträge nach individuellem Tempo zu konsumieren und an beliebigen Stellen zu pausieren, um tiefer in die Thematik einzusteigen. Die Diskussionen konnten somit im Vorfeld bereits strukturiert und vorbereitet werden.

In dem Workshop wurden in Vorträgen aus den Bereichen Biomedizinische Informatik, Medizinische Bioinformatik und der Systemmedizin verschiedene Aspekte und Werkzeuge vorgestellt und diskutiert. Es wurden Projekte aus der MRI-Forschung (bildgebene Verfahren der Magnetresonanztomographie) sowie Werkzeuge auf das Wissensmanagement bei molekularen Tumorboards vorgestellt. Dabei drehte es sich insbesondere um die benötigten Daten und deren Heterogenität und Zugänglichkeit. Schon während des Workshops war eine Interaktion mit den Referenten über den Chat, Umfrage oder per Wortmeldung möglich. Im letzten Teil des Workshops konnten Teilnehmer und Referenten über die Methoden und Werkzeuge in der biomedizinischen Informatik diskutieren. Sehr intensiv wurde dabei diskutiert wie Methoden aus der biomedizinischen Informatik in die Routine überführt werden können („from prototype to sustainability“) und welche Voraussetzungen dafür nötig sind. Die aufgenommenen Themen werden in den künftigen Sitzungen der AG vertieft. Es gibt eine kurze Zusammenfassung. Der Mitschnitt des Workshops bzw. die Vorträge können weiterhin (nach Anfrage an: Benjamin.Loehnhardt@med.uni-goettingen.de) abgerufen werden.

Vorgesehene Aktivitäten 2021:

Für 2021 ist erneut die Durchführung eines interdisziplinären Workshops "Biomedizinische Informatik" im Rahmen der GMDS-Jahrestagung geplant, dann hoffentlich wieder „vor Ort“. Hierbei sollen die fachbereichsübergreifenden Diskussionen fortgesetzt werden. Darüber hinaus wird über ein zusätzlichen Sitzungstermin nachgedacht, um auf die Synergien zwischen der Medizinischen Informatik und sowie Bioinformatik in gemeinsamen Projekten hinzuweisen. Das Kernteam der AG stimmt sich weiterhin monatlich per Webmeeting ab.

Während der GMDS-Jahrestagung in Dortmund fand am 11. September 2019 unter der Leitung von Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen, Institut für Medizinische Informatik) sowie Prof. Dr. Tim Beißbarth (Universitätsmedizin Göttingen, Institut für Medizinische Bioinformatik) der Workshop „Influence of Big Data and Artificial Intelligence in Biomedical Informatics!?“ statt. In dem Workshop wurden in Vorträgen aus den Bereichen Biomedizinische Informatik, Medizinische Bioinformatik und der Systemmedizin verschiedene Aspekte und Werkzeuge vorgestellt und diskutiert. Zunächst gab es Berichte vom DKFZ Heidelberg und der Universität Köln. Im zweiten Teil des Workshops wurde die de.NBI Cloud vorgestellt sowie Einblicke in Artificial Intelligence und Machine Learning aus der Sicht eines Industrievertreters gewährt.

Ein Tagesordnungspunkt des Workshops war die Neuwahl der Leitung der GMDS-Arbeitsgruppe "Biomedizinische Informatik" nach dreijähriger Amtszeit. Der bisherige Leiter, Prof. Dr. Tim Beißbarth wurde für eine weitere Amtszeit bestätigt. Die bisherigen stellvertretenden Leiter, Prof. Dr. Ulrich Sax und Benjamin Löhnhardt, wurden ebenfalls als Leiter gewählt. Somit wird die Arbeitsgruppe in der kommenden Amtszeit (11.09.2019 bis 10.09.2022) von einem 3er-Leitungsteam geführt.

Während der GMDS-Jahrestagung 2017 in Oldenburg fand unter der Leitung von Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen, Leiter des Fachausschusses Medizinische Informatik der GMDS) sowie Prof. Dr. Tim Beissbarth (Universitätsmedizin Göttingen, Leiter der Präsidiumskommission "Bioinformatik") der Workshop „Methods of Systems Medicine“ sowie ein anschließender „Round Table“ statt.

In dem Workshop wurden in Vorträgen aus den Bereichen Biomedizinische Informatik, Medizinische Bioinformatik und der Systemmedizin verschiedene Aspekte und Werkzeuge aus dem Bereich „Systemmedizin“ vorgestellt und diskutiert. Bei dem anschließenden „Round Table“ haben die Teilnehmer insbesondere Begrifflichkeiten abgegrenzt und Aspekte rund um die Einrichtung eines neuen Fachbereichs „Bioinformatik“ innerhalb der GMDS diskutiert.

Teilnehmer der Diskussionsrunde im Rahmen des Workshops „Methods of Systems Medicine“ während der GMDS 2017 in Oldenburg.

Die GMDS-Mitgliederversammlung hat am 19.09.2017 der Einrichtung des Fachbereichs „Medizinische Bioinformatik und Systembiologie“ zugestimmt, der von Prof. Dr. Tim Beißbarth zunächst kommissarisch geleitet wird. Die GMDS-Arbeitsgruppe „Biomedizinische Informatik“ ist u.a. diesem Fachbereich zugeordnet.

Während der GMDS-Jahrestagung 2016 im Rahmen der HEC 2016 fand unter der Leitung von Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen, Leiter des Fachausschusses Medizinische Informatik der GMDS) sowie Prof. Dr. Tim Beissbarth (Universitätsmedizin Göttingen, Leiter der Präsidiumskommission "Bioinformatik") eine Sitzung der im September 2015 eingerichteten GMDS-Arbeitsgruppe "Biomedizinische Informatik" in München statt.

Im Rahmen des interdisziplinären Workshops "From Biomedical Informatics to Medical Bioinformatics" (http://ams.med.uni-goettingen.de/hec_bioinf_workshop_2016/) wurden in Vorträgen aus den Bereichen Biomedizinische Informatik, Medizinische Bioinformatik und der Systemmedizin verschiedene Definitionen und Lösungsansatz durch  die unterschiedlichen Brillen heraus betrachtet. Die zum Teil internationalen Referenten sind Experten auf ihrem Gebiet und es entstand eine fruchtbare Diskussion. Es wurde festgestellt, dass der Dialog zwischen den verschiedenen Disziplinen unerlässlich für das gegenseitige Verständnis ist. Ein Vorschlag war, mit den starren Grenzen der Disziplinen in Zukunft zu brechen und sich stärker auf die Methoden zu konzentrieren.
 

Ein Tagesordnungspunkt des Workshops war die Wahl der Leitung der GMDS-Arbeitsgruppe "Biomedizinische Informatik". Prof. Dr. Harald Binder (Universitätsmedizin Mainz) wurde vom GMDS-Präsidenten als Wahlleiter bestimmt und hat die Wahl durchgeführt. Prof. Dr. Tim Beißbarth (6 Stimmen) wird nun in den kommenden drei Jahren die Leitung der Arbeitsgruppe übernehmen. Als stellvertretende Leiter wurden Prof. Dr. Ulrich Sax (5 Stimmen) und Benjamin Löhnhardt (2 Stimmen) gewählt.

Vorgesehene Tätigkeiten im nächsten Jahr:

Für 2017 ist erneut die Durchführung eines interdisziplinären Workshops "Biomedizinische Informatik" im Rahmen der GMDS-Jahrestagung in Oldenburg (17.-21. September 2017, gmds2017.de) geplant. Hierbei sollen die fachbereichsübergreifenden Diskussionen fortgesetzt werden. Weiterhin sollen Themen der "Biomedizinischen Informatik" verstärkt in den Fachausschuss Medizininformatik (Leitung: Ulrich Sax, https://gmds.de/aktivitaeten/medizinische-informatik/#c1670) eingebracht werden sowie eine engere Abstimmung mit der Fachgruppe Bioinformatik (FaBI, bioinformatik.de) erfolgen.

Während der GMDS-Jahrestagung 2015 fand unter der Leitung von Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen, Leiter des Fachausschusses Medizinische Informatik der GMDS) sowie PD Klaus Jung (Universitätsmedizin Göttingen, in Vertretung für Prof. Dr. Tim Beissbarth) eine Sitzung der neu eingerichteten Arbeitsgruppe "Biomedizinische Informatik" in Krefeld statt. Auf der Beiratssitzung am 06.09.2015 wurde die vormalige Projektgruppe in eine Arbeitsgruppe überführt. Im Rahmen des interdisziplinären Workshops "Datengetriebene Modelle in der Systemmedizin" (http://www.gmds.de/tagungen/2015/programm/tagungsprogramm/workshops/Workshops.php) wurden in Vorträgen über Netzwerke in der Systemmedizin, Personalisierte Medizin und Datenqualität berichtet und diskutiert. Es wurde dabei deutlich wie wichtig das gegenseitige Verständnis der Bereiche Medizinische Informatik, Bioinformatik, Biostatistik und Systemmedizin ist. Prof. Hütt (Jacobs University Bremen) berichtete aus Sicht der Systemmedizin "peinlich einfache" Beispiele, die aus der Perspektive der anderen Disziplinen nicht trivial waren. Umgekehrt wurde die Notwendigkeit der sehr engen Abstimmung auch anschaulich durch die Erkenntnis unterstrichen, dass die Erhebung hochwertiger Phänotypdaten mittlerweile aufwändiger als die Genotypisierung von Biomaterial ist.


 
Am Ende des Workshops wurden die kurz-, mittel- und langfristigen Ziele der Arbeitsgruppe diskutiert. Als direktes Ergebnis des Workshops ist auch zu betrachten, dass die GMDS mittlerweile Mitglied der Fachgruppe Bioinformatik (FaBI, bioinformatik.de) ist.