Arbeitsgruppe

30.09.2026 - Workshop "AI supported Data Retrieval and Data Management in the Health Domain" ISCB GMDS Konferenz 2026

On Wednesday, September 30th, 2026 from 11:00 a.m. to 12:30 p.m., a workshop of the GMDS project group "FAIRe Dateninfrastrukturen" will take place as part of the ISCB GMDS 2026.

Abstract: This workshop is organized by the GMDS project group "FAIRe Dateninfrastrukturen für die Biomedizinische Informatik".  The workshop will introduce and discuss different approaches that develop workflows and tools which use Artifical Intelligence (AI), Machine Learning (ML) and Large Language Models (LLM) for supporting data retrieval, structuring, storing as well as sharing of health-related data and corresponding metadata. The aim is to showcase possiblities to integrate AI, ML and LLM-based methods in health-data management infrastructures and workflows.

Attendees will be provided with insights into how such methods could be applied on what kind of data with which kind of questions. Impulse lectures will highlight the creation of an AI-generated digital twin infrastructure for healthcare in Europe and how AI methods can support the enrichment of health metadata or the usage of biosignals for clinical decision support. Also data quality aspects as well as difficulties and pitfalls of these modern technologies in the context of the health domain will be addressed. An interactive panel discussion with all speakers concludes the workshop, allowing the audience to discuss the topics with the panelists.

Ziel der Arbeitsgruppe ist, die verschiedenen Aktivitäten in Projekten sowie an Forschungsstandorten im Hinblick auf FAIRe Dateninfrastrukturen zu bündeln. Hierzu soll ein gemeinsamer Erfahrungsaustausch erfolgen, sowie gemeinsam an Konzepten (z.B. Verbreitung von FAIR, Koordinierung von Entwicklungen und Guidelines, etc.) im Bereich der Biomedizinischen Informatik und der zugrunde liegenden Daten zu arbeiten.

Folgende Aspekte sind Ausgangspunkte für zu bearbeitende Handlungsfelder dieser inter­disziplinären Arbeitsgruppe:

• Gegenseitiger Erfahrungsaustausch und Austausch von Best Practices zu “FAIRen” Dateninfrastrukturen
  • Austausch bezüglich Standardisierung von Daten, Metadaten und Datenmodellen national, EU-weit und international
  • Sammeln und Bewerten der Passförmigkeit community-konsentierter Vokabularien zur Beschreibung von FAIRen Daten
  • Diskussion spezieller Aspekte (z.B. Persistent Identifier) beim Aufbau und Betrieb von “FAIRen” Dateninfrastrukturen
  • Beispiele zur Übertragbarkeit von Erfahrungen anderer Fach-Communities auf das Feld der Biomedizinischen Informatik.
• Erarbeitung eines gemeinsamen Verständnis von FAIR Data, Open Data und Open Access (6 Prinzipien), u.a. in Bezug auf unterschiedliche Datenarten sowie Datenschutzanforderungen und rechtliche Rahmenbedingungen
• Zielgruppenanalyse vornehmen und Anforderungen sammeln und kanalisieren
• Perspektivisch: Bündeln der Anforderungen aus dem FAIR data management an die Industrie (TMF, BVMI, NSG MI-I, VUD)

FAIRe klinischer Daten durch Transformation in HL7 FHIR mit Mirth Connect

Moderation

Matthias Löbe (Leipzig), Samer Alkarkoukly (Köln)

HL7 FHIR gewinnt in der Krankenversorgung aufgrund vielfältiger regulativer und wissenschaftsgetriebener Initiativen stark an Bedeutung (MIOs, ISiK, MII, NUM, NFDI4Health). Gleichwohl fehlt es an kostengünstigen, breit einsetzbaren und performanten Lösungen zur Transformation von Bestanddaten nach FHIR. Der Workshop stellt eine quelloffene, nutzerfreundliche Lösung vor, um Daten aus einfachen Formaten wie CSV nach FHIR zu konvertieren. Der Ansatz basiert auf der Verwendung des freien Kommunikationsservers Mirth Connect. Nach einer Einführung und Vorstellung werden die Teilnehmer ein Beispielszenario praktisch umsetzen und die Ergebnisse auf einen FHIR-Server hochladen. Im Ergebnisteil wird die Lösung diskutiert und Kriterien abgeleitet, wie die FAIR Data Prinzipien durch die Verwendung von FHIR-Artefakten optimal umgesetzt werden.

Voraussetzungen

• Grundkenntnisse über FHIR
• Vorinstallieren von Mirth Connect
• Herunterladen (Installer & Portable): github.com/nextgenhealthcare/connect/releases oder www.nextgen.com/solutions/interoperability/mirth-integration-engine/mirth-connect-downloads
• Installationsanweisungen Nextgen Docs: docs.nextgen.com/bundle/Mirth_User_Guide_40/page/connect/connect/topics/t_install_mirth_connect.html
• Demo/Testdaten: github.com/alkarkoukly/CSV-FHIR-Transformer

Zeitplan

11.00 Uhr     Begrüßung und Einführung

Themenblock A: Grundlagen und Informationsarchitektur (Englische Sprache)
Moderation:  Samer Alkarkoukly
11.15 Uhr      Introduction to Data Transformation with Mirth Connect
11.35 Uhr      Demo on CSV-FHIR Transformation
12.15 Uhr      Q&A
12.30 Uhr     Imbiss

Themenblock B: Praktische Umsetzung und Demonstration (Englische Sprache)
Moderation:  Samer Alkarkoukly
13.30 Uhr       Exercises Overview
13.45 Uhr       Scenario 1: CSV to FHIR (local and server)
14.05 Uhr       Scenario 2: FHIR - CSV
15.00 Uhr      Kaffeepause

Themenblock C: Ergebnisdiskussion und Ausblick
Moderation:  Matthias Löbe
15.30 Uhr       Vorstellung der Referenzlösung
16.15 Uhr      Abschlussdiskussion: FAIRe Daten durch Verwendung von FHIR – Anforderungen an FHIR-Strukturen aus Sicht des RDA FAIR Reifegradmodells

17.00 Uhr        Ende des Workshops